L'era medievale giapponese fu caratterizzata dell'emergere di una classe nobile e colta di guerrieri, i samurai. Nel 1185 in seguito alla sconfitta dei nemici del clan Taira, Minamoto no Yoritomo venne nominato Sh?gun e stabilì la sua base di potere a Kamakura nel 1192. Dopo la morte di Yoritomo, un altro clan guerriero, il clan H?j?, divenne reggente per gli sh?gun. Lo shogunato Kamakura riuscì a respingere le invasioni mongole nel 1274 e nel 1281 con l'aiuto di una tempesta che venne interpretata dai giapponesi come un kamikaze o "Vento Divino".

Lo shogunato Kamakura durò altri cinquant'anni e venne infine spodestato da Ashikaga Takauji nel 1333. Il successivo shogunato Ashikaga non riuscì a controllare i signori della guerra feudali (daimy?) e ciò provocò lo scoppio di una guerra civile. La guerra ?nin (1467-1477) viene generalmente considerata come l'anticamera degli "Stati in guerra" o periodo Sengoku.

Nel XVI secolo commercianti e missionari portoghesi raggiunsero per la prima volta il Giappone, iniziando il periodo Nanban ("barbari meridionali") di attivi scambi commerciali e culturali tra il Giappone e l'Occidente, introducendo anche la religione Cattolica. Oda Nobunaga conquistò numerosi altri daimyo utilizzando tecnologie e armi da fuoco europee ed era sul punto di unificare la nazione quando venne assassinato ("Incidente di Honn?ji") nel 1582.